Hédervár a magyar államiság kezdete óta a középkori Szigetköz történelmi, egyházi központjának szerepét töltötte be. A település története összefonódott a hédervári grófi családok (Héderváry, Viczay, Khuen-Héderváry) múltjával, a családok Magyarország történelmében kiemelkedő szerepet vállaló tagjainak sorsával. (A környék már a bronzkorban is lakott volt, a római korban a Mosoni-Duna mellett őrtornyok sokasága biztosította az Imperium Romanum védelmét, a limes őrtornyai 20-30 mérföldenként álltak, egy 1961-es kutatás szerint vélhetőleg Hédervár területén is a mai várkastély legnagyobb lakótornyának helyén vagy az ún.Zsidó-dombon, ahol a felszín alatt még megtalálhatóak a Héderváryak mai is látható vizesárokkal körülvett első várának maradványai. Római katolikus egyházközségének pecsétje 1031-es dátumot jelöl, mint a szentistváni egyházalapítás időpontját.Hédervár egyik legfőbb természeti látványossága Magyarország egyik legöregebb fája, az Árpád-fa, melyhez a monda szerint Árpád vezér a honfoglaláskor a lovát kötötte. Egyik történelmi magyarázata e mondának a híres 907. évi pozsonyi csatában kereshető, amikor ezen környéken aratott végleges honfoglaló győzelmet az Árpád vezér és három fia által vezetett magyar sereg az egyesült német-morva hadak felett.
Kézai Simon és a művéből merítő későbbi krónikaíróink Géza fejedelem idejére teszik a német, Hamburgból származó Volfer (Wolfger) és Héder (Hedirich, Hederich) lovagoknak Magyarországra történő bejövetelét. Volfer Küszin hegyét és környékét (Güssinget, a mai Németújvárt), míg Héder a Győr melletti Duna-szigetet (Csallóköz, ill. a mai Szigetköz) kapta adományul. Az újabb kutatások megállapítása szerint azonban e két testvér II. Géza király uralkodásának idején telepedett le hazánkban.
A Héderváry család őse - eredményesen vette ki részét a trónviszályok kapcsán szerezhető birtokokból és címekből 1146-ban mint ispán, 1150-1157 között II. Géza udvarbírója és 1162-ben III. István nádoraként szerepelt. Ebben az időben építhette fel „Héder várát”. Egy 1395-ben kelt oklevél várnagyát „Castellanus magistri Johannis filii Hedrici de Hedrehuara” néven említi. Ebben a tisztségben 1418-ban Kis Péter és Cheylye Domokos, 1455-ben Fodor László szerepel, a vár pedig „Castrum Hedrehuara”, 1484-ben „Castrum Hedrewara” alakban fordul elő. A család egyik híres tagja az a Dezső, aki 1338-ban a havasalföldi hadjárat során ruhát cserélt és megmentette Károly Róbert életét. Utódaik is magas tisztségeket töltöttek be, világi és egyházi méltóságok sorát adta a család az országnak: János győri és László egri püspök a legmagasabb rangra emelkedetteket képviseli. A királyi tisztségviselők közül kiemelkedik Lőrinc, aki Zsigmond király utolsó nádora.
A család híres leszármazottja Hédervári Kont István, aki a legendákban szabadságharcos hősként szerepel mivel vezető szerepet vállalt Luxemburgi Zsigmond király elleni összeesküvésben. A trónkövetelő Kis Károlyt támogatta, ezért harminc társával együtt kivégezték 1388-ban. Emlékét őrzi Garay István híres verse „Kont” címmel, ill. a község határában álló történelmi emlékhely a Kont-fánál. A család másik tagja, Héderváry János győri püspök építtette a győri székesegyház melletti Héderváry-kápolnát.
A község első írásos említése 1210-ből származik, az eredeti középkori oklevelet a Pozsonyi Levéltárban őrzik. 1443-ban említik a határában fekvő Gomboldus , Zolnok (Szolnok) és Hedreh pusztákat. Említése történik 1442, 1443-ban a Darnó, Zseli és Hédervár határában fekvő Faÿz (Fajsz) pusztának. A puszta megőrizte az itteni X. század középi fejedelmi szálláshely emlékét. A falu 1443-1529-ig, majd 1658-1886-ig mezővárosi rangot kapott. Héderváry Ozsvát fia, II. Ferenc, 1521-ben nándorfehérvári kapitány e vár hűtlen elhagyásának vádja miatt II. Lajos minden vagyonától megfosztotta, és Héder várát, tartozékaival együtt Laki Bakics Pálnak adományozta. Hédervári Ferencet a mai történetírás már felmentette a ráaggatott vádak alól, de akkor a védelmi erők elégtelensége, a magyar hadvezetés tehetetlensége miatt fel kellett adni a középkori Magyarország déli kapuját.
Bakith Pál a Héderváryakkal vívott küzdelme során 1534 decemberében a középkori kővárat és az új várkastélyt is leromboltatta. Ebben az időben szinte az egész környék áttért a református hitre és a katolikus központok átmeneti működési zavara miatt a XVII: századi erőszakos ellenreformációig szabadon működhetett. Itt székelt Mérey Mihály lutheránus püspök 1544-ben. Amikor azonban Héderváry István 1541-ben átpártolt I. Ferdinándhoz, ezt a birtokát is visszakapta. Héderváry János valószínűleg 1578-ban fejezte be a lerombolt várkastély újjáépítését és kibővítését. Héderváry István, aki Esterházy Miklós nádor sógora, birtokait visszaszerzi, 1620-ban rekatolizál és a környéket erőszakkal visszatéríti katolikus hitre. 1662-ben Héderváry János scopiai püspökkel kihalt a Héderváry család. Héderváry István leányát, Katalint, Loósi báró Viczay János vette feleségül, aki így a Héderváry családnak ezt a birtokát is megszerezte.
A Viczay-család 1873-ig a község földesura. 1723-ban Viczay Jób grófi rangot nyert. Viczay Mihály és fia az 1755-ben meginduló átépítés során feltöltötték a várárkot és nyugat felé bővítették a várat. Az udvarát folyosó szélességgel csökkentve, az egykori árok helyén háromszintes, egytraktusos szárnyat emeltek, sarkaira négyszögű tornyokat illesztettek. Az udvar déli oldalára, a kapu fölé háromszintes szárny került, újabb emeletet húztak az északi reneszánsz palotára, elfalazva annak nyitott folyosóját. Ide került a barokk díszlépcső. A homlokzati architektúra kialakítása során a reneszánsz ablakokat elfalazták és egységes barokk képet alakítottak ki. Ekkor került az új nyugati szárny végébe a két szintet átfogó, díszesen kifestett kápolna is. Viczay Mihály szenvedélyes éremgyűjtő volt, így Hédervár neve bekerült az akkori nemzetközi érmész-katalógusokba is. 1775-ben jelent meg Bécsben Eckhelnek a „Numi veteres anecdoti musei Caesaroe - Vindobonensi” című műve, amelyben a hédervári gyűjteményt az Európában is ritka múzeumok közé sorolta.
Gróf Héderváry-Viczay Héder Széchenyi Istvánnal és Battyhány Lajossal utazott ifjúkorában és egy Győr megyei múzeumot akart létre hozni. 1873-ban azonban meghalt, örököse gróf Khuen-Héderváry Károly horvát bán, későbbi magyar miniszterelnök lett, aki 1874-ben kisebb átalakítást végeztetett a kastélyon belül, majd Möller István építész tervei alapján 1906-1907-ben átépítette a kastélyt. Ekkor készült a déli szárnyban a reprezentatív nagyterem, a Vadászterem, a szalonok sora a keleti szárnyban és a régi toronyban, valamint a korábbi helyén a ma is látható díszlépcső. A Khuen-Héderváry-család 1946-ig volt a kastély és az uradalom birtokosa. 1947-ben, ill. 1960-ban azonban elhunyt a hédervári gróf Khuen-Héderváry család két utolsó tagja is, így több mint 800 év folyamatosság után grófi család nélkül maradt Hédervár.
A második világháború során a kastélyba először a német nagykövetség vette be magát Edmund Veesenmayer nagykövet vezetésével, majd a szovjet csapatok tették tönkre és hordatták szét berendezését, mivel hadikórházként működtették. 1983-ig általános iskola működött benne, jelenleg a Magyar Alkotóművészeti Non-profit Kft. tulajdona és újra alkotóház üzemeltetését tervezi a tulajdonos az Önkormányzattal együttműködve.
A Szigetköz közepén, Mosonmagyaróvár és Győr között majdnem félúton található településen lévő kastélynak három tornya van. A hagyomány szerint az épület három vármegye, Győr, Pozsony és Moson találkozási pontján állt, ezért minden tornya más-más megye területén állt. A hagyomány a középkori vízrajzi viszonyok, mint meghatározó természetes határok mellett onnan eredhet, hogy egészen a XIX. sz. második feléig Győr és Pozsony vármegye határa Hédervárnál volt, ill. a Héderváry-családnak mindhárom vármegyében nagy kiterjedésű birtokai voltak.
Napjainkban trendi hírneve a krumplibogár-kultusznak köszönhető, mivel agrártörténeti kutatások és helyi legendák szerint itt találtak meg először és azonosították be 1947-ben a szocialista rendszer által imperialista ellenségnek tekintett „Coloradó-bogarat”, azaz a csíkos hátú burgonyabogarat. Emlékét ’90-es évek vége óta szobor is őrzi…
Mecsért a nyugalom és a béke szigetének is nevezik, amelynek mindennapi életét számos civil szervezet tölti meg tartalommal. Rendezvényterv alapján hagyományőrző, kulturális és sport témájú események szórakoztatják a résztvevőket. Nemzetközileg is nyilvántartott a nyári „Ladikos Fesztivál”, ami sok látogatót vonz a településre.
Nyelvészek szerint neve szláv eredetű és kardművest jelent. Herényi István munkájában 1189 és 1208 közötti időszakra jelöli a település megjelenését. Györffy György történész szerint a 940-es években Mecsér kardverő helység. Fajsz fejedelem szigetközi szállása és a határbelépőknél létesített udvarhoz tartozott. Más magyarázat szerint a mocsárból ered. 1280-ban említi először oklevél Mecher néven. A falu a lébényi apátság birtoka volt, majd egy ideig az óvári várhoz tartozott, míg Hunyadi Mátyás király vissza nem adta a települést az apátságnak.
1359-es oklevelek alapján lakói akkor már főleg halászok, hajóvontatók, pásztorok voltak. A hajózás a szomszédos Ausztria és Győr irányába történt. 1564-től fekszik mai helyén, fekvése miatt hol Moson, hol Győr megyéhez tartozott. Későbbi lakóinak, a magyar folyami fuvarozóknak és hajómolnároknak egy-egy múltat idéző, szépen helyreállított háza még látható a községben. Ugyanígy a régi, 1679-ben épített, később lebontott templom helyén az 1900-ban Weinckheim Krisztina grófnő által emelt neoromán templom. Október 8-án tartják Magyarok Nagyasszonya napi búcsúját. A források szerint: "magyar falu, Moson vmegyében, a Szigetközben, 709 kath. lak., s paroch. szentegyházzal. Határa negyedik osztálybeli, s 45 6/ egész telek után van 51 telkesgazdája, 345 hold harmadik osztálybeli szántóföldje, 165 embervágó rétje. Nagy duna-malom. F. u. gr. Zichy Manó. Ut. p. Ötevény". Hajdan a falu sokat szenvedett a Mosoni-Duna áradásaitól. 1954-ben például az egész lakosság a szomszéd falvakban talált menedéket. (A bősi /gabcikovói erőmű megépítése után a csúcsrajáratás idején az árhullám idáig érezteti hatását!) Szigetközzel a Mosoni-Dunán 1951-től köti össze híd, addig csak komppal lehetett közlekedni.1979-ben Lébény társközsége lett, 1990-ben vált ismét önállóvá. Mecsér lakóinak nagyobbik része Győr és Mosonmagyaróvár iparvállalatainál dolgozik, kisebbik hányada mezőgazdaságból él. A település infrastrukturális ellátottsága teljes.
